2001年4月，香港科技大学深圳研究院作为大学在内地发展的联络办事处在深圳注册成立，是香港科技大学在内地发展的重要平台，也是连接深港两地科研和学术交流的桥梁。香港科技大学在创校初期就与内地大学缔造学术联盟，与广东省和深圳市政府以及国内各部委建立教育和科技领域合作。2011年9月，港科大深圳产学研大楼正式启用，总建筑面积15000平方米，全部用于大学在深圳发展，预示着科大深研院技术转移发展的一个新里程。产学研大楼以研究院所拥有的顶尖人才、科研条件、孵化企业、与内地尤其是深圳业界的联系为依托，推动科研成果、产业课题在技术转移中心平台上进行进一步交流和碰撞。
自成立以来，研究院重点围绕科学研究，学科教育及产业发展这三方面开展工作，积极探索产学研合作的方向和方法。同时，研究院以优秀人才、完善的科研基础设施、良好的创业生态系统为基础，致力于建设成为港科大在深圳重要的科研、培训、孵化基地和地方联络平台。随着大湾区的发展，大学进一步确立了加强在内地发展的宏伟策略，研究院将在大学的引领下，紧密结合大湾区产业发展要求，深入开展产学研项目的研究和服务，为大学前沿科学研究成果转化和与工商界的合作提供平台，协助大学实现促进国家经济与社会发展的使命。
